O Conselho Curador é formado por oito integrantes efetivos, designados pelo Reitor da USP, entre professores da Universidade. 

Eles possuem mandato de quatro anos, exceto o presidente e o vice-presidente que ficam no cargo por dois anos, podendo ser prorrogado por período consecutivo. O órgão é responsável por tomar as decisões sobre a fundação.

Já a Diretoria-Executiva, responsável pela administração da FUVEST, é constituída de um diretor executivo, um vice-diretor e um diretor financeiro.

Eles são eleitos pelo Conselho Curador, com prazo de designação de dois anos, sendo permitida duas reconduções sucessivas de igual duração.